瓊脂糖凝膠電泳是用瓊脂糖作支持介質的一種電泳方法.其分析原理與其他支持物電泳的主要區別是：它兼有“分子篩”和“電泳”的雙重作用。
瓊脂糖凝膠具有網絡結構，物質分子通過時會受到阻力，大分子物質在涌動時受到的阻力大，因此在凝膠電泳中，帶電顆粒的分離不僅取決于凈電荷的性質和數量，而且還取決于分子大小，這就大大提高了分辨能力。但由于其孔徑相當大，對大多數蛋白質來說其分子篩效應微不足道，現廣泛應用于核酸的研究中。
瓊脂糖凝膠電泳條件
電泳緩沖液的pH在6~9之間，離子強度0.02~0.05為適。瓊脂糖凝膠約可區分相差100bp的DNA片段，其分辨率雖比聚丙烯酰胺凝膠低，但它制備容易，分離范圍廣。普通瓊脂糖凝膠分離DNA的范圍為0.2-20kb，利用脈沖電泳，可分離高達10^7bp的DNA片段。
瓊脂糖凝膠電泳為什么會形成條帶
瓊脂糖凝膠電泳是基因工程實驗室中分離鑒定核酸的常規方法.核酸是兩性電解質,其等電點為pH2-2.5,在常規的電泳緩沖液中（pH約8.5）,核酸分子帶負電荷,在電場中向正極移動.核酸分子在瓊脂糖凝膠中泳動時,具有電荷效應和分子篩效應,但主要為分子篩效應.因此,核酸分子的遷移率由下列幾種因素決定：
（1）DNA的分子大小.線狀雙鏈DNA分子在一定濃度瓊脂糖凝膠電泳中的遷移速率與DNA分子量對數成反比,分子越大則所受阻力越大,也越難于在凝膠孔隙中移動,因而遷移得越慢.
（2）DNA分子的構象.當DNA分子處于不同構象時,它在電場中移動距離不僅和分子量有關,還和它本身構象有關.相同分子量的線狀、開環和超螺旋質粒DNA在瓊脂糖凝膠中移動的速度是不一樣的,超螺旋DNA移動得快,而開環狀DNA移動慢.如在瓊脂糖凝膠電泳鑒定質粒純度時發現凝膠上有數條DNA帶難以確定是質粒DNA不同構象引起還是因為含有其他DNA引起時,可從瓊脂糖凝膠上將DNA帶逐個回收,用同一種限制性內切酶分別水解,然后電泳,如在凝膠上出現相同的DNA圖譜,則為同一種DNA.
（3）電源電壓.在低電壓時,線狀DNA片段的遷移速率與所加電壓成正比.但是隨著電場強度的增加,不同分子量的DNA片段的遷移率將以不同的幅度增長,片段越大,因場強升高引起的遷移率升高幅度也越大,因此電壓增加,瓊脂糖凝膠的有效分離范圍將縮小.要使大于2kb的DNA片段的分辨率達到大,所加電壓不得超過5v/cm.
（4）離子強度影響.電泳緩沖液的組成及其離子強度影響DNA的電泳遷移率.在沒有離子存在時（如誤用蒸餾水配制凝膠）,電導率小,DNA幾乎不移動；在高離子強度的緩沖液中（如誤加10×電泳緩沖液）,則電導很高并明顯產熱,嚴重時會引起凝膠熔化或DNA變性.
瓊脂糖凝膠具有網絡結構，物質分子通過時會受到阻力，大分子物質在涌動時受到的阻力大，因此在瓊脂糖凝膠電泳中帶電顆粒的分離不僅取決于凈電荷的性質和數量，而且還取決于分子大小，這就大大提高了分辨能力。